С октября 2007 года Счетная палата Приднестровья проверяет деятельность государственного унитарного предприятия (ГУП) "Железная дорога Приднестровья". "Основной вопрос проверки - тарифы, которые утверждает ГУП "Железная дорога Приднестровья" за транзит грузов. Пока каких-либо конкретных результатов нет, проверка находится на стадии завершения. По ее окончании информация будет доступна общественности", - сообщила 13 декабря 2007 года в интервью корреспонденту ИА REGNUM председатель Счетной палаты Приднестровья Светлана Изместьева.

Ситуацию также прокомментировал корреспонденту ИА REGNUM заместитель председателя комитета по промышленности, аграрной политике и природным ресурсам Верховного Совета Приднестровья Анатолий Потоля. "В сентябре 2007 года при рассмотрении изменений в налоговое законодательство исполнительные органы власти предлагали освободить от уплаты земельного налога ГУП "Железная дорога Приднестровья". При обсуждении законопроекта возник вопрос о том, что предприятие, осуществляя транзит грузов по территории Приднестровья, взимает плату необоснованно завышенную", - сообщил он.

"Кроме того, средства используются нерационально. С целью выяснения финансовых операций предприятия Верховный Совет поручил Счетной палате проверить механизм установления тарифов за транзит иностранных грузов через Приднестровье", - отметил Потоля. Депутат также добавил, что "практически сразу после начала проверки указом президента Приднестровья Игоря Смирнова ГУП "Железная дорога Приднестровья" была выведена из-под управления министерства промышленности и передана в подчинение Совету безопасности".